Interreg-udvalget, der er Interreg Deutschland-Danmarks øverste myndighed, mødes to gange om året for blandt andet at tage stilling til ansøgningerne fra projekterne. Udvalget består af 34 repræsentanter fra både dansk og tysk side.

Interreg-udvalget har to formænd og to formandssuppleanter. I 2019 er udvalgsformanden på den danske side regionsrådsmedlem i Region Sjælland Freddy Blak, og på den tyske side er det Kreis Plöns kredspræsident Stefan Leyk. Stefan Leyk afløste Peter Sönnichsen i december 2018.

Interreg-udvalget mødes næste gang den 4. juni 2019 i Husum.