Der Interreg-Ausschuss ist Interreg Deutschland-Danmarks oberste Instanz, die sich zweimal jährlich trifft, um unter anderem über die Bewilligung von Projektanträgen zu entscheiden. Der Ausschuss besteht aus 34 Repräsentanten von sowohl der deutschen als auch der dänischen Seite.

Der Interreg-Ausschuss hat zwei Vorsitzende und zwei stellvertretende Vorsitzende. Die aktuellen Vorsitzenden für das Jahr 2019 sind für die dänische Seite Regionsratsmitglied Freddy Blak (Region Sjælland) und für die deutsche Seite Kreispräsident Stefan Leyk (Kreis Plön). Stefan Leyk hat damit im Dezember 2018 Peter Sönnichsen abgelöst.

Die nächste Interreg-Ausschusssitzung findet am 4. Juni 2019 in Husum statt.